Území parku je z velké části zalesněno. Jevišovka je v úsecích ve volné krajině většinou upravena a porostlá souvislými břehovými porosty, zatímco v zalesněné krajině má přírodě blízký charakter. Přírodní park Jevišovka je sice značně ovlivněn výsadbou jehličnanů – smrku ztepilého (Picea abies) a borovicí lesní (Pinus sylvestris), ale zejména v členitých a skalnatých údolích vodních toků se nacházejí přírodě blízké až přirozené porosty. Většinou se jedná o dubohabřiny s převahou habru obecného (Carpinus betulus), dubu zimního (Quercus petraea), javoru klenu (Acer pseudoplatanus) a lípy srdčitá (Tilia cordata).

Bylinné patro je většinou tvořeno porosty lipnice hajní (Poa nemoralis), metličky křivolaké (Avenella flexuosa), strdivky nicí (Melica nutans) a ostřice prstnaté (Carex digitata). Vyskytuje se zde také kokořík mnohokvětý (Polygonatum multiflorum), kopytník evropský (Asarum europaeum), brambořík nachový (Cyclamen purpurascens), pitulník horský (Galeobdolon montanum), jaterník podléška (Hepatica nobilis), kostival hlíznatý (Symphytum tuberosum), pomněnka lesní (Myosotis sylvatica), bukvice lékařská (Betonica officinalis) nebo plicník měkký (Pulmonaria mollis).

V údolí Jevišovky a Plenkovického potoka se také vyskytují doubravy, vzácněji teplomilné s jeřábem břekem (Sorbus torminalis) a v okolí Jevišovic a Rudlic na skaliskách reliktní bory.

Ze vzácnějších druhů rostlin zde lze najít okrotici bílou (Cephalanthera damasonium), vemeník dvoulistý (Platanthera bifolia), vemeník zelenavý (Platanthera chlorantha) nebo kruštík modrofialový (Epipactis purpurata).

Již od středověku se zde také vyvíjela nelesní vegetace. Dodnes se zachovaly fragmenty dřívějších rozsáhlých pastvin (např. PP Rudlické kopce). Dnes jsou tvořeny roztroušenými křovinami růže šípkové (Rosa canina), trnky obecné (Prunus spinosa) a hlohu (Crataegus sp.).

Roste zde vzácná květena, například křivatec český (Gagea bohemica), koniklec velkokvětý (Pulsatilla grandis), divizna brunátná (Verbascum phoeniceum), tařice skalní (Aurinia saxatilis), vstavač kukačka (Orchis morio), smil písečný (Helichrysum arenarium), prstnatec bezový (Dactylorhiza sambucina), modřenec chocholatý (Muscari fimosa), hvězdnice chlumní (Aster amellus), kavyl vláskovitý (Stipa capillata) nebo skalník obecný (Cotoneaster integerrimus).