Oblast je porostlá lužními lesy pouze v úzkém pruhu kolem břehů. Přírodě blízké lesy tvoří dub letní (Quercus robur), jasan ztepilý (Fraxinus excelsior), jasan úzkolistý (Fraxinus angustifolia), topol bílý (Populus alba), topol černý (Populus nigra) nebo javor babyka (Acer campestre). Hojně jsou narušeny výsadbou ořešáků a kříženců topolů. Kolem koryta roste zejména vrba bílá (Salix alba), vrba křehká (Salix fragilis), olše lepkavá (Alnus glutinosa), chmel otáčivý (Humulus lupulus), břečťan popínavý (Hegera helix) a plamének plotní (Clematis vitalba).

Zejména v nivě podél levého břehu jsou zachovány fragmenty mokřadní a vodní vegetace na četných zavlažovacích a odvodňovacích kanálech či mrtvých ramenech řeky. Roste zde voďanka žabí (Hydrocharis morsus-ranae), rdest vzplývavý (Potamogeton natans), kosatec žlutý (Iris pseudacorus), šmel okoličnatý (Butomus umbellatus), žabník jitrocelový (Alisma plantago-aquatica) nebo kyprej vrbice (Lythrum salicaria). Objevují se i rozsáhlejší porosty rákosu obecného (Phragmites australis), orobince širolistého (Typha latifolia), orobince úzkolistého (Typha angustifolia) nebo některých druhů ostřic.

Vyskytují se zde i zbytky nivních luk, dnes již nepravidelně zaplavovaných. Největší se nacházejí u Petrova a Strážnice nebo mezi Malým Závidovem a Janovou. Z trav zde převládá srha laločnatá (Dactylis glomerata), psárka luční (Alopecurus pratensis), kostřava červená (Festuca rubra), ostřice srstnatá (Carex hirta), trojštět žlutavý (Trisetum flavescens) nebo medyněk vlnatý (Holcus lanatus). Dále se zde vyskytuje kohoutek luční (Alopecurus pratensis), kostival lékařský (Symphytum officinale), hrachor luční (Lathyrus pratensis), oman britský (Inula britannica), krvavec toten (Sanguisorba officinalis) nebo pryskyřník plazivý (Ranunculus repens). Bohatý porost z jara kvetoucího kosatce sibiřského (Iris sibirica) a nemalá populace orchideje prstnatce pleťového (Dactylorhiza incarnata) se nachází nedaleko Petrova.

Pro nivu jsou charakteristická stromořadí dubu letního (Quercus robur) a topolu černého (Populus nigra) a také solitéry jilmu habrolistého (Ulmus minor).