Většina území je zalesněna převážně smrkovými kulturními lesy. Velmi vzácně se zde vyskytují doubravy, dubohabřiny a zbytky bučin. Původní porosty listnatých lesů jsou také v dolní části údolí kolem Černova, ve střední části Borové skály a Kozího hřbetu a v horní části v přírodní rezervaci Rakovec. Můžeme se tu potkat s dubem zimním (Quercus petraea), habrem obecným (Carpinus betulus), borovicí lesní (Pinus sylvestris) a jedlí bělokorou (Abies alba).

Habr obecný

Na jižně exponovaných svazích v horních částích se velmi vzácně vyskytují teplomilné doubravy s dřínem obecným (Cornus mas), jeřábem břekem (Sorbus torminalis), skalníkem obecným (Cotoneaster integerrimus) nebo jalovcem obecným (Juniperus communis).

Dřín obecný	Jeřáb břek

V bylinném patře zde roste vřes obecný (Calluna vulgaris), tolita lékařská (Vincetoxicum hirundinaria), bělozářka větevnatá (Anthericum ramosum) a medovník velkokvětý (Melittis melissophyllum). Sutě na úpatí svahů jsou porostlé lesy s lípou malolistou (Tilia cordata), javorem klenem (Acer pseudoplatanus) a vzácně měsíčnice vytrvalá (Lunaria rediviva).

Potoční niva na dně údolí je porostlá olšinami s olší lepkavou (Alnus glutinosa), jasanem ztepilým (Fraxinus excelsior) a různými druhy vrb (Salix sp.). Tok potoka Rakovec má velmi přirozený meandrující charakter. Na jaře je okolí potoka rozkvetlé bílou záplavou bledule jarní (Leucojum vernum). Dále se zde vyskytují mokré louky, které jsou jednou z nejcennějších lokalit v území. Setkat se tu můžeme s pcháčem potočním (Cirsium rivulare), prstnatcem májovým (Dactylorhiza majalis), bradáčkem vejčitým (Listera ovata), kosatcem sibiřským (Iris sibirica), upolínem evropským (Trollius altissimus) a žluťuchou lesklou (Thalictrum lucidum).

Bradáček vejčitý	Prstnatec májový	Žluťucha lesklá