Většina území je zarostlá lužním lesem, který je na odlesněných místech nahrazený zaplavovanými loukami. Nejrozšířenějším typem tvrdých luhů je typ panonských jilmových jasanin, kde převládá jasan úzkolistý (Fraxinus angustifolia). Jasan úzkolistý se u nás vyskytuje jen na Jižní Moravě, kde dosahuje svého severozápadního okraje rozšíření. Dále zde najdeme dub letní (Quercus robur), přimíšen je také jilm vaz (Ulmus laevis), habr obecný (Carpinus betulus), lípa malolistá (Tilia cordata), místy také topol bílý (Populus alba) a topol černý (Populus nigra). Podrost lužních lesů je bohatý a proměnlivý. Na méně zamokřených místech najdeme orsej jarní (Ficaria bulbifera), křivatec žlutý (Gagea lutea) či krtičník hlíznatý (Scrophularia nodosa). V jarních měsících můžeme obdivovat celé porosty sněženky podsněžníku (Galanthus nivalis) a vzácně narazíme na ladoňku dvoulistou (Scilla bifolia). Na silně podmáčených místech se vyskytují vlhkomilné druhy jako bledule letní (Leucojum aestivum), pryšec bahenní (Euphorbia palustris), kosatec žlutý (Iris pseudacorus), šmel okoličnatý (Butomus umbellatus) či žabník jitrocelový (Alisma plantago-aquatica).

	Pryšec bahenní

Rozsáhlé nivní louky najdeme jak podél Dyje, tak podél Včelínku, kde bývají krátkodobě zaplavovány. Menší louky najdeme i uprostřed lesních porostů. Jde o mezofilní louky s dominantami jako je psárka luční (Alopecurus pratensis), metlice trsnatá (Deschampsia caespitosa). Z dalších druhů se na loukách vyskytují například srpice barvířská (Serratula tinctoria), žluťucha žlutá (Thalictrum flavum), konitrud lékařský (Gratiola officinalis) a jiné. V podzimních měsících louky rozzáří květy ocúnu jesenního (Colchicum autumnale). Niva byla v minulosti velmi pravidelně zaplavována, ale díky regulacím je nyní pod vodou její část jen během největších povodní. V posledních letech byla však provedena v území rozsáhlá revitalizace ve prospěch stabilizace vodního režimu a mokřadních biotopů. Jedním z cílů bylo vrátit do přírody některé významné druhy rostlin a živočichů. V dnešní době můžeme na mnoha místech v síti kanálů a mrtvých ramen objevit lekníny bílé (Nymphaea alba), řezany pilolisté (Stratiotes aloides) a porosty stulíku žlutého (Nuphar lutea).

Na sušších místech se vyskytují také panonské dubohařbiny s dominantním habrem (Carpinus betulus) opět s výskytem dubu letního (Quercus robur). Na nelesních sušších stanovištích najdeme ovsíkové louky. Místy, především na hrúdech, najdeme fragmenty acidofilních suchých trávníků. Naopak z mokřadní vegetace na území můžeme potkat mokřadní olšiny s dominantní olší lepkavou (Alnus glutinosa) a vegetaci rákosin či vysokých ostřic. Po vyschnutí periodických tůni se objeví na jejich dně vegetace bahnitých substrátů.