Lesní porosty zde jsou značně pozměněné s převahou jehličnanů, zejména smrku ztepilého (Picea abies), místy s příměsí dubu zimního (Quercus petraea), buku lesního (Fagus sylvatica) a vzácně i s jedlí bělokorou (Abies alba). U toku Býkovky a Lhotského potoka se nachází fragmenty jasanových olšin. Jihozápadně od Lhoty u Lysic je dochován zbytek bučiny s typickým bylinným patrem.

Podél cest z jara bohatě kvete kopretina bílá (Leucanthemum vulgare) a smolnička obecná (Steris viscaria). Časté jsou ovsíkové louky s kohoutkem lučním (Lychnis flos-cuculi) či pryskyřníkem. V okolí Bedřichovské skalky jsou vzácné vřesovištní a smilková lada.

Specifická vegetace roste v PP Lysická obora, která se nachází nad lysickým zámkem. Rostou zde až 250 let staré buky lesní. Podél cesty je mohutná alej lip malolistých (Tilia cordata). K dalším významným stromům se řadí jeřáb břek (Sorbus torminalis), jedle obrovská (Abies grandis) a modřín japonský (Larix leptolepis).

Bylinný podrost tvoří bělozářka větevnatá (Anthericum ramosum), vemeník dvoulistý (Platanthera bifolia) či kruštík širolistý (Epipactis helleborine). Na loukách také hořec brvitý (Gentianopsis ciliata).