Z přírodního hlediska je území cenné pro druhovou pestrost dřevinné vegetace. Břehové porosty jsou často pokryty přirozenou vegetací olše lepkavé (Alnus glutinosa), jilmu habrolistého (Ulmus minor), jilmu vazu (Ulmus laevis), vrb (Salix sp.), javoru babyky (Acer campestre), dubu letního (Quercus robur), jasanu ztepilého (Fraxinus excelsior), topolu bílého (Populus alba) nebo lípy srdčité (Tilia cordata). Lesy na většině území jsou znehodnocovány cizími dřevinami, především trnovníkem akátem (Robinia pseudacacia) ajavorem jasanolistým (Acer negundo).

Místy lze ve fragmentech lužního lesa objevit typické bylinné patro s orsejem jarním (Ficaria verna) a dymnivkou dutou (Corydalis cava). U Medlova a u Malešovic se dochovaly fragmenty poříčních jezer s typickou vodní a mokřadní vegetací s kosatcem žlutým (Iris pseudacorus), šmelem okoličnatým (Butomus umbellatus), blatouchem bahenním (Caltha palustris) nebo stulíkem žlutým (Nuphar lutea).